En 1970, seis años después de los eventos de Snake Eater , el antiguo equipo de Naked Snake, la unidad FOX, rompió su alianza con la CIA y se volvió rebelde. Snake también es objetivo de la unidad FOX, que ha enviado soldados renegados de la unidad FOX para capturarlo. El juego comienza con la tortura y el interrogatorio de Snake por parte de uno de los miembros de FOX, el teniente Cunningham. El teniente Cunningham está tratando de localizar la mitad faltante del legado del filósofo, y el gobierno de los Estados Unidos ya había adquirido la otra mitad del legado de la Unión Soviética al concluir Snake Eater . Snake está encarcelado en una celda al lado de Roy Campbell,
