El escenario y la historia siguen siendo prácticamente los mismos que Pokémon Oro y Plata. La bestia legendaria Suicune ahora tiene un papel más destacado en la historia del juego que en Pokémon Oro y Plata. Ahora es necesario despertar al trío de bestias legendarias (Suicune, Entei, Raikou) para desafiar al líder de gimnasio Ecruteak, Morty. Suicune se encuentra en varios lugares de Johto.
